Cái tên "Jaú" xuất phát từ tên của một trong những loài cá lớn nhất ở Brasil, Cá trê chấm vàng được gọi tên địa phương là Jaú. Và sau đó, dòng sông chính chảy qua vườn quốc gia cũng được đặt theo.[1] Vườn quốc gia nằm trong Quần xã sinh vật Amazon thuộc vùng sinh thái Rừng ẩm Japurá-Solimões-Negro.[2] Được thành lập vào ngày 24 tháng 9 năm 1980, tổng diện tích bảo vệ của nó là 2.367.333 hécta (5.849.810 mẫu Anh) và được bảo vệ bởi Viện bảo tồn đa dạng sinh học Chico Mendes (ICMBio). Về mặt hành chính, vườn quốc gia nằm trong các đô thị Barcelos, Codajás, Novo Airão của bang Amazonas.[3]

Đây là một trong số những khu vực được bảo vệ lớn nhất Brasil. Nó nằm cách thành phố thủ phủ bang là Manaus 220 kilômét (140 dặm) về phía tây bắc. Nó bao gồm toàn bộ lưu vực sông Jaú, giữa Sông Unini ở phía bắc và Carabinani ở phía nam. Cả ba con sông đều chảy về phía đông đổ vào bờ phải của Rio Negro.[1] Phần phía đông của vườn quốc gia tiếp giáp với Khu bảo tồn khai khoáng Rio Unini cho tới phía bắc chạy dọc theo sông Unini. Về phía tây bắc của vườn quốc gia giới hạn bởi Khu bảo tồn Phát triển Bền vững Amanã. Về phía đông, gần Rio Negro là vườn bang Rio Negro.[4]